Pétion et Gérin commandent une armée révolutionnaire forte de six régiments. Gérin dresse une embuscade devant le pont Rouge. Le 17 octobre 1806, Dessalines sort de l'Arcahaie à 5 h avec une escorte d'une vingtaine d'hommes. En s'approchant de pont Rouge, il croit reconnaître les troupes qu'il a envoyées l'attendre à l'entrée de Port-au-Prince et pénètre sans méfiance au milieu de cette embuscade. Gérin ordonne de l'encercler. Il tente de s'enfuir mais le jeune soldat Garat blesse le cheval de l'Empereur, qui est ensuite criblé de balles.

Le 17 février 1807, Christophe rentre au Cap et organise, selon ses idées politiques, l'Etat d'Haïti dans le Nord, comprenant le Nord, le Nord-Ouest et l'Artibonite. Le 9 mars 1807, Pétion est élu président de la République. Dès le lendemain, il prête serment de "maintenir de tout son pouvoir la Constitution". En 1810, le général Rigaud revient en Haïti. Il est chargé par Pétion de commander le département du Sud, mais il méconnaît l'autorité de son chef et déclare le Sud indépendant. Il meurt l'année suivante, ce qui met fin à la division de la République.

En 1811, quand Pétion est réélu président de Port-au-Prince, Christophe, perdant l'espoir de gouverner toute l'île, se fait proclamer roi d'Haïti, le 26 mars, sous le nom d'Henri 1 er. En 1815, Pétion apporte son aide à Bolivar. Aux cayes, Bolivar reçoit en abondance des armes et des munitions. Il enrôle des Haïtiens qui se devouent à sa cause pour la liberté. Reconnaissant, Bolivar appelle Pétion "l'auteur de la liberté de l'Amérique du Sud." Pétion ne réclame qu'une chose: la libération des esclaves dans les pays libérés par Bolivar.

Le 29 mars 1818, Pétion, atteint de la fièvre typhoïde, meur après sept jours de maladie. Boyer lui succède et il est élu président d'Haïti par le Sénat. Le 8 octobre 1820, Henri 1er malade à Sans-Souci, trahis par tous, même par sa Garde, se tue d'une balle dans le coeur. Il est enterré secrètement à la citadelle. Le 26 octobre, on assiste à la réunification du Nord et du Sud, avec l'entrée de Boyer au Cap. Il a mobilisé toute son armée pour répondre à l'appel des révoltés de Saint-Marc. Une marche rapide par Saint-Marc, Gonaïves et Plaisance le conduit au Cap, où il entre aux cris de "vive Boyer ! Vive le président d'Haïti". La scission du Nord et de l'Ouest prend fin.

Avec une rapidité remarquable, l'armée haïtienne, forte de 20 000 hommes, se porte sur la frontière dominicaine qu'elle franchit en deux points: Ouanaminthe et Las Cahobas. La colonne du Nord, commandée par le général Bonnet, et celle de l'Ouest par Boyer en peronne rentrant à Santo-Domingo le 9 février 1822 et réalisent une unité de l'île. Pendant 21 ans, de 1882 à 1843, toute l'île d'Haïti, restera soumise à l'autorité de Boyer. Le roi de France, Charles X, reconnaït, le 17 avril 1825, l'indépendance d'Haïti à la condition que le gouvernement paie en cinq années une indemnité de 150 millions de francs. L'indemnité fut réduite plus tard à 60 millions. L'année 1838 verra la reconnaissance définitive de l'indépendance par la France.

la révolution de 1843 voit l'abolition de Boyer, qui partira en exil à Paris. Il mourra presque dans la misère le 9 juillet, à l'age de 75 ans. Des gouvernements militaires éphémères lui succèdent (Rivière Herard, Philippe Guerrier, Pierrot et Riché). Ce dernier était l'ennemi juré des sectes et croyances superstitieuses. Il poursuivit avec vigueur ceux qui pratiquaient les cérémonies et danses vaudoues.
Le 1er mars 1847, Faustin Soulouque est élu président par le Sénat réuni pour donner un successeur à Riché. Le 25 août 1849, il est proclamé Empereur sous le nom de Faustin 1er. Décembre 1858 voit la fin de l'Empire. Le général Geffrard, homme de confiance de Faustin 1er, sentant que l'Empereur commence à se méfier de lui, s'embarque de nuit pour les Gonaïves afin de proclamer la République. Faustin 1er n'opposa pas de résistance et les révolutionnaires occupèrent rapidement la capitale. L'Empereur du s'exiler d'Haïti le 15 janvier 1859.